Construct a feature x cell matrix from a genomic fragments file

FeatureMatrix(
  fragments,
  features,
  cells = NULL,
  process_n = 2000,
  sep = c("-", "-"),
  verbose = TRUE
)

Arguments

fragments

A list of Fragment objects.

features

A GRanges object containing a set of genomic intervals. These will form the rows of the matrix, with each entry recording the number of unique reads falling in the genomic region for each cell.

cells

Vector of cells to include. If NULL, include all cells found in the fragments file

process_n

Number of regions to load into memory at a time, per thread. Processing more regions at once can be faster but uses more memory.

sep

Vector of separators to use for genomic string. First element is used to separate chromosome and coordinates, second separator is used to separate start and end coordinates.

verbose

Display messages

Value

Returns a sparse matrix

Examples

fpath <- system.file("extdata", "fragments.tsv.gz", package="Signac") fragments <- CreateFragmentObject(fpath)
#> Computing hash
FeatureMatrix( fragments = fragments, features = granges(atac_small) )
#> Extracting reads overlapping genomic regions
#> 323 x 50 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 50 column names 'AAACTCGCAGCGTCGT-1', 'AAACGAAGTGCCCGAT-1', 'AAACGAATCCTTACGC-1' ... ]]
#> #> chr1-713460-714823 1 1 1 1 2 1 3 4 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 #> chr1-752422-753038 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . #> chr1-762106-763359 . . . . . 1 . 1 . . 1 1 1 . . . . . . 1 . . 1 . 2 . . . 1 #> chr1-779589-780271 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-804872-805761 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-839520-841123 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-841866-842572 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-856165-857031 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-858464-861548 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-875427-878705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-894021-896898 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-901313-902847 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-911152-912038 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-919270-919976 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-925760-926165 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-928630-937949 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-939991-941002 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-944476-944998 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-948133-951142 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-954372-958413 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-967806-970136 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-973840-977754 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-994056-995654 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-998895-1000200 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1002063-1006231 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1014697-1015912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1034158-1035389 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1051006-1053102 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1057192-1058404 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1071616-1073471 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1079247-1080264 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1092026-1094240 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1108888-1109641 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1135873-1137356 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1140204-1144858 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1147592-1153647 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1154588-1155301 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1166366-1168282 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1185856-1186893 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1207999-1210168 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1226995-1227705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1240091-1245762 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1259506-1261414 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1283373-1285555 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1288121-1291291 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1293753-1295053 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1306174-1308201 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1309645-1311492 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1333514-1336003 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1337323-1337799 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1341794-1343522 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1361935-1362825 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1369325-1371497 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1397565-1398360 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1406028-1408272 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1440010-1441302 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1446312-1448163 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1475360-1476487 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1509089-1511050 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1532974-1533319 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1534779-1536172 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1542207-1543000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1549446-1552535 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1553343-1553743 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1562519-1567986 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1589986-1591117 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1597084-1597513 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1608771-1610748 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1617619-1618183 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1623610-1625141 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1655226-1656410 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1660021-1660414 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1677619-1678941 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1690269-1690749 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1695549-1696821 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1706795-1707660 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1708510-1715065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1727875-1728288 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1729436-1729707 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1772973-1773995 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1780695-1781014 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1788464-1789189 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1789961-1790535 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1797303-1797631 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1800682-1801583 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1804025-1804468 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1812400-1813494 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1814487-1815655 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1817581-1818125 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1819732-1824104 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1837423-1839193 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1839727-1841458 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1849693-1853920 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1875345-1875801 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1891426-1891854 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1927576-1928068 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1975839-1976906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1980856-1982929 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2023023-2023435 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2043788-2044372 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2046611-2047074 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2058137-2059185 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2063672-2065744 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2068827-2069139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2071091-2071791 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2074156-2074747 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2077596-2078445 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2079917-2080950 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2082091-2083429 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2105657-2106319 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2120455-2122065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2125466-2127403 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2130011-2131484 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2135022-2137621 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2143708-2144981 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2155475-2156839 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2157847-2188813 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2189545-2192208 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2206598-2208283 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2221250-2223390 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2227715-2234197 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2236104-2237259 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2241757-2247855 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2312793-2314371 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2322313-2323985 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2343197-2348396 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2398568-2399841 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2425108-2425944 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2426847-2429351 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2430822-2432046 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2454600-2456271 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2456987-2458884 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2460345-2462489 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2471903-2481288 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2486054-2489237 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2489999-2490171 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2507261-2510518 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2513019-2513577 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2515241-2519350 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2573495-2575472 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2585232-2586236 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2703118-2703609 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2756472-2757468 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2843088-2844374 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2949388-2950228 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3232972-3233779 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3369629-3371833 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3407512-3408483 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3446985-3448712 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3481736-3482215 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3513943-3514649 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3527180-3529385 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3535177-3536355 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3537510-3538045 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3540009-3542500 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3546738-3547139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3565942-3569718 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> 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